中国农业科技导报 ›› 2017, Vol. 19 ›› Issue (12): 43-51.DOI: 10.13304/j.nykjdb.2017.0457
周子维1,2§,常笑君1,2§,游芳宁1,2,邓婷婷1,孙云1*,赖钟雄2*
ZHOU Ziwei1,2§, CHANG Xiaojun1,2§, YOU Fangning1,2, DENG Tingting1, SUN Yun1*, LAI Zhongxiong2*
摘要: 脂肪氧合酶(lipoxygenase, LOX, EC 1.13.11.12)是一类含有铁离子的血红素双加氧酶,专一催化多元不饱和脂肪酸加氧反应。基于茶树基因组数据,对筛选获得的12个LOX基因家族成员的分子特性、进化规律及密码子偏好性进行分析归纳。理化性质检测结果表明,茶树LOX家族成员中以CsLOX6的开放阅读框(open reading frame, ORFs)最长(2 778 bp),编码925个氨基酸,蛋白分子量为104.5 kDa。通过氨基酸序列同源比对,构建茶树LOX基因家族成员与26个物种(均系双子叶植物纲)的37个LOX基因的系统发育进化树,结果发现,茶树LOX基因家族成员可被分为9\|LOX亚族(5个)、13\|LOX TypeⅠ亚类(5个)及13\|LOX TypeⅡ亚类(2个),但13\|LOX TypeⅡ亚类中的CsLOX5基因,并不具有转运肽(transit peptide)前导序列。对茶树基因组LOX家族成员基因密码子相对偏好使用度(relative synonymous codon usage, RSCU)及偏好性参数进行分析,结果表明:茶树LOX基因家族成员存在着4个密码子在编码基因上被高频率选用,9个密码子被低频率选用;茶树LOX基因家族成员的密码子选用偏好性普遍较弱,并偏好以A/T作为结尾。此外,以最近邻元素法(Neighbor\|Joining, NJ)对密码子RSCU值进行聚类分析,结果发现,RSCU值的聚类与以编码序列(coding sequences, CDS)构建的系统发育进化树之间,在CsLOX10基因的聚类上存在差异。