为探究蓼属植物叶绿体基因组的结构、功能和进化特征，利用CodonW、SPSS软件和在线程序Galaxy、Genepioneer生信云、mVISTA、GENE DENOVO等工具，对28种蓼属植物叶绿体基因组的密码子使用偏好性和系统发育关系进行分析。结果表明，28种蓼属植物叶绿体基因组的密码子适应指数（codon adaptation index，CAI）和有效密码子数（effective number of codon，ENC）均较低，说明其密码子使用偏好性较弱，且主要受自然选择影响；密码子第3位碱基以A/U结尾为主，且叶绿体基因组的9个最优密码子均以A/U结尾；密码子不同位置的GC含量和ENC与密码子GC3s、GC3、GC2之间的相关性分析揭示，蓼属植物叶绿体基因组的密码子偏好性弱，且密码子偏好性主要受第3位碱基组成的影响，叶绿体基因序列长度对碱基组成和密码子偏好性影响较小；基于同义密码子相对使用度（relative synonymous codon usage，RSCU）的系统发育树与基于matk和rbcl基因序列的系统发育树结果相似，28种蓼属植物均被划分为3个类群，但内部存在部分差异，如长戟叶蓼基于matk序列时与蓼蓝聚为一个类群，而基于rbcl序列时与丛枝蓼聚为一个类群。以上研究结果为蓼属植物的资源利用、系统发育和叶绿体基因工程研究提供了参考和依据。