中国农业科技导报 ›› 2016, Vol. 18 ›› Issue (6): 31-43.DOI: 10.13304/j.nykjdb.2016.132
岳春江1§,陈川川1§,郭凤仙1,李华1,孙洪波1,裴丹宁1,马晓清1,陈富欣1,杨获莉1,李琴1,刘越1,2*
YUE Chun-jiang1§, CHEN Chuan-chuan1§, GUO Feng-xian1, LI Hua1, SUN Hong-bo1, PEI Dan-ning1, MA Xiao-qing1, CHEN Fu-xin1, YANG Huo-li1, LI Qin1, LIU Yue1,2*
摘要: 利用MISA(MicroSAtelite)软件对测序得到的蒙药冷蒿转录组序列143 700条跨叠群(contigs)进行简单重复序列(SSR)位点的挖掘,发现3 614条序列含有3 753个SSR位点,发生频率为2.51%,共有122种重复基元,平均每18.46 kb出现1个SSR位点。冷蒿转录组序列的SSR主要集中在三核苷酸重复(56.12%),其次是二核苷酸重复(31.60%)。AC/TG、AT/TA、CA/GT、AAT/TTA和AAC/TTG是二核苷酸、三核苷酸中的优势重复基元。冷蒿转录组SSR以5~12次重复为主,基序长度主要集中于12~36 bp。冷蒿转录组共注释43 415个contigs,其中578个SSRs位于编码区,主要以三核苷酸重复为主(397,68.69%)。从分子水平和生物信息学角度介绍了蒙药冷蒿转录组SSR信息的开发利用,其出现频率高、重复类型丰富,将为冷蒿的分子标记辅助育种、遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因挖掘提供了候选序列。